По словам руководителя Попечительского совета, главы компании «РЖД» Владимира Якунина, «наша цель - восстановление духовной силы нашего народа. Послужит этому и данный музей». В экспозиции десятки икон, деревянные образа Преподобного Нила. Интерес вызывают старинные литографии с изображением островного монастыря. Его возникновение связано с монахом Нилом, который нашел здесь уединение. В 1594 году над его могилой построили церковь, а потом - монастырь.
Трудами и попечением основателя монастыря преподобного Германа было составлено первое жизнеописание преподобного Нила - памятник русской словесности. В описи обители за 1614 год значились 32 книги - почти все рукописные. Большинство из монастырских книг в годы безверия ХХ века сохранили местные жители.
В ризнице будут хранится церковная утварь, облачения священнослужителей, куколь Святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Алексия II, в котором он посещал Нилову пустынь. 9 июля 1995 года.
Последние 20 лет возрождения монастыря братия обители продолжает просветительскую традицию. Здесь действует духовно-просветительский центр « Наследие Селигера» имени Л.Ф.Магницкого - выдающегося ученого и математика, издаются книги и литературные труды Центра, направленные на прославление селигерского озерного края и духовной традиции православной веры нашего народа. В планах установка памятника Магницкому в Москве и в Осташкове.
В субботу здесь будет отслужена Божественная литургия, вокруг монастыря пройдет Крестный ход с мощами Преподобного Нила, который возглавит архиепископ Тверской и Кашинский Виктор. Также будет совершен чин освящение новых часов-курантов на колокольне Богоявленского собора.
До 1917 года Нилова Пустынь была наиболее почитаемой в России. Монастырь процветал, благодаря покровительству русских царей Михаилу Федоровичу, Алексею Михайловичу и их ближних дворян. Пожертвования делали граф Мусин-Пушкин, князья Волконский и Потемкин-Таврический, княгиня Шаховская. Паломников и гостей в год здесь бывало свыше 100 тысяч. По их количеству обитель уступала только Гробу Господню в Иерусалиме.
В конце 1990-го года Нилово-Столобенская Пустынь была возвращена Русской Православной Церкви. До этого на территории монастыря были колония для несовершеннолетних, лагерь пленных поляков, турбаза.